5 de março de 2016

LIGAÇÃO PEPTÍDICA É FAVORÁVEL?


Então, a famosa ligação peptídica existente entre dois aminoácidos “tá favorável?”



Para entender melhor esta reação, vamos dar uma olhada no aminoácido:
Tranquilamente vou falar um pouquinho mais sobre a ligação peptídica  que ocorre entre os aminoácidos. Está ligação covalente se dá pela condensação  de 2 aminoácidos (via mecanismo de substituição nucleofílica seguida de eliminação) e formação de uma ligação Amida substituída nomeada ligação peptídica.
O Carbono marcado em Azul é chamado de Carbono alfa já que o Carbono do grupo carboxílico é considerado o carbono mais fodão (na verdade, é uma convenção na química que o Carbono do grupo de maior prioridade seja o 1 daí os outros são numerados na ordem: C2, C3,... Ou por letras gregas: C alfa (C2), C beta (C3) ,...)
Uma outra coisa que quase esqueci de falar é que esta estrutura é comum aos aminoácidos com exceção da prolina que é cíclico.
Voltando agora na ligação peptídica:
A condensação se tem com ataque Nucleofílico do grupo α-amino (amino ligado ao carbono α) de um aminoácido no carbono 1(C-1, o carboxílico) de outro aminoácido.
Os grupos amina são bons nucleófilos (pois possuem 2 elétrons desemparelhados) já as hidroxilas são péssimos grupos de saída (pois a hidroxila é uma base forte, e o OH- mais forte que o amino ¨NH2 )...
PORTANTO ESTA REAÇÃO NÃO É FAVORÁVEL!!!!
Portanto como existem polímeros de resíduos de aminoácidos em todas as células?
Existe uma ativação na molécula dentro da célula
E como ela ocorre?
Primeiramente há a ligação de um aminoácido ao ATP, liberando pirofosfato inorgânico (PPi) que tem energia de hidrolise bastante alta também...
Esta molécula formada o aminoacil adenilato é uma molécula intermediaria, mas ela não é empregada na síntese das proteínas, pois nossas células evoluíram no caminho da otimização deste processo com organização da polimerização, para que não ocorra uma síntese de peptídeos desregulada, sem ter como guia a informação do material genético, portanto haverá mais etapas:
Estas reações são similares a que ocorreu na ligação do ATP, pois são todas oriundas da idéia de ataque Nucleofílico, O Carbono da carbonila (C=O) esta mais eletrofílico, ou seja, esta com certa deficiência de elétrons (a nuvem eletrônica esta desviada para os átomos eletronegativos), portanto os elétrons da hidroxila podem “Atacar” o carbono fazendo nova ligação química, mas como o carbono não acomoda tantos elétrons em sua camada de valência ele “elimina” um dos ligantes... O mais estável. Esta molécula liberada, o adenosil tem estruturas de ressonância * por isso pode ser liberada...
Este agora é o famoso Aminoacil t RNA que se ligará ao complexo ribossomal...
Agora o grupo amino (NH2) “ataca” o carbono da carbonila e libera um t RNA e formando um peptídeo, há também a liberação de um próton (H+) após a ligação da amina.
*estruturas de ressonância: foram esclarecidas em outro post...